EJBの名前情報を永続化したファイルが破損したことで、EJBの呼び出しに失敗します。
JNDIサービスは基本的にはメモリ中にのみ名前情報を格納します。運用管理ツールからJNDIサービスの永続化指定をありに設定した場合に名前情報がファイルに永続化されますが、永続化指定を無しとしている場合でも配備したEJBのホームインタフェースの名前など、一部の名前は必ずファイルに格納するように動作します。
永続化ファイルがディスク障害などにより壊れた場合、EJBの名前情報が消えてしまうため、EJBの呼び出しが行えなくなってしまいます。
このときの対処として、ドメインを停止して、バックアップファイルから復旧を行なってください。永続化ファイルとバックアップファイルはデフォルトで以下のディレクトリに作成されます。
<WebOTXインストールディレクトリ>/domains/<ドメイン名>/config/jndisp/store
バックアップファイルは".bak"のサフィックスが付いたファイルです。それらを.bakの付かないファイルにコピーしてドメインを起動してください。